Theo kết luận thanh tra, Vinafood 2 đã có nhiều sai phạm, khuyết điểm trong giai đoạn 2014 - 2016, khiến doanh nghiệp và các đơn vị trực thuộc rơi vào tình trạng thua lỗ.
Năm 2014, Công ty mẹ hoạt động sản xuất - kinh doanh lỗ trước thuế 873,3 tỷ đồng, 11/15 đơn vị có kết quả kinh doanh lỗ 878,9 tỷ đồng, đặc biệt hai doanh nghiệp nuôi trồng chế biến thủy sản lỗ 138,2 tỷ đồng (chiếm 15,8% tổng số lỗ), chỉ có 4/15 đơn vị có kết quả kinh doanh lãi 5,4 tỷ đồng.
Năm 2015, lợi nhuận sản xuất - kinh doanh trước thuế của Tổng công ty là 155,8 tỷ đồng, trong đó thu từ bán tài sản tại khu đất 34, 36, 42 Chu Mạnh Trinh và 33 Nguyễn Du là 121,1 tỷ đồng. Tuy nhiên, kết quả này chưa bao gồm các khoản trích lập dự phòng theo quy định của nhà nước đối với doanh nghiệp đang trong quá trình cổ phần hóa.
Năm 2016, trong quý I, Công ty mẹ có lợi nhuận trước thuế 51 tỷ đồng; các đơn vị phụ thuộc bị lỗ 46,2 tỷ đồng (11/14 đơn vị lỗ, 3/14 đơn vị có lãi). Phần lãi phát sinh ở Văn phòng Tổng công ty là 97,2 tỷ đồng do thực hiện các hợp đồng tập trung của năm 2015 chuyển sang (thời điểm kết thúc thanh tra).
Kết luận thanh tra chỉ rõ, trách nhiệm đối với những tồn tại, khuyết điểm nêu trên chủ yếu thuộc Tổng giám đốc; trách nhiệm tham mưu thuộc Trưởng Phòng kinh doanh và cá nhân liên quan.
Liên quan đến việc quản lý sử dụng vùng nuôi thủy sản tại cồn Đông Giang, xã Đông Khánh, thành phố Sa Đéc, tỉnh Đồng Tháp và Nhà máy chế biến và bảo quản thủy sản tại ấp Thái Vình, xã Hòa Hưng, tỉnh Tiền Giang, kết luận thanh tra cũng chỉ ra nhiều sai phạm.
Cụ thể, Vinafood 2 giao cho Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn quản lý, sử dụng Nhà máy chế biến và bảo quản thủy sản, thực phẩm và vùng ao nuôi thủy sản cồn Đông Giang từ 1/4/2015 - 30/8/2016 nhưng không ký hợp đồng thuê khoán và không thu tiền, sau đó vào tháng 6/2016 hai bên mới thỏa thuận để Công ty Vĩnh Hoàn chi trả một phần chi phí cho Tổng công ty, với số tiền gần 5 tỷ đồng.
“Tổng công ty thuê Nhà máy chế biến gạo của Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn (theo hợp đồng từ tháng 9/2014 đến 31/12/2015, với giá thuê 50.000.000 đồng/tháng) nhưng không có kế hoạch sử dụng là việc làm tùy tiện, không đúng quy định pháp luật về quản lý kinh tế và Quy chế quản lý vốn, tài sản của Tổng công ty; không công khai, thiếu minh bạch trong quản lý kinh tế”, kết luận thanh tra của Bộ NN&PTNT nhấn mạnh.
Ngoài ra, báo cáo kết luận thanh tra của Bộ NN&PTNT chỉ ra nhiều khuất tất và sai phạm trong việc đền bù giải phóng mặt bằng của Vinafood 2 trên khu đất thực hiện dự án khách sạn cao cấp, cao ốc văn phòng và trung tâm thương mại cho thuê tại quận 1, TP.HCM, có nguy cơ gây thất thoát tài sản nhà nước hơn 54 tỷ đồng.
Đồng thời, nhiều vi phạm trong việc thực hiện các hợp đồng xuất khẩu gạo tập trung đã gây tổn thất cho Tổng công ty như Hiệp hội Lương thực đã nêu tại Công văn số 324 ngày 23/6/2014 về việc tổ chức thực hiện hợp đồng với Bernas Malaysia.
Trách nhiệm về khuyết điểm, sai phạm nêu trên, theo kết luận thanh tra, chủ yếu thuộc Hội đồng thành viên Vinafood 2, Chủ tịch Hội đồng thành viên tại thời điểm ban hành Nghị quyết số 05/NQ-HĐTV; trách nhiệm đề xuất của Tổng giám đốc Tổng công ty và trưởng các phòng chức năng, các cá nhân liên quan của Tổng công ty.
Để xử lý các sai phạm, Bộ NN&PTNT yêu cầu tiếp tục thực hiện những nội dung trong Kết luận thanh tra số 2734/KL-TTCP ngày 25/9/2015 của Thanh tra Chính phủ, triển khai thực hiện cổ phần hóa Vinafood 2 theo đúng kế hoạch. Đồng thời, đề xuất xây dựng phương án và triển khai việc củng cố, kiện toàn công tác tổ chức bộ máy, chấn chỉnh công tác cán bộ, nâng cao chất lượng quản trị doanh nghiệp của Tổng công ty.
Ngoài ra, kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có những khuyết điểm và sai phạm nêu trên, báo cáo kết quả thực hiện về Bộ NN&PTNT trước ngày 15/8/2017 để tổng hợp báo Thủ tướng Chính phủ.
Ông Nguyễn Đình Cung, Viện trưởng Viện Nghiên cứu quản lý kinh tế Trung ương
Nhược điểm lớn nhất hiện nay chưa thể khắc phục của hoạt động quản lý và tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước là vấn đề thất thoát tài sản của các dự án cũng như sai phạm trong quản lý mà chưa xác định được trách nhiệm rõ ràng thuộc về ai.
Thậm chí, có quy trách nhiệm rồi nhưng cũng khó xử lý cụ thể trách nhiệm cá nhân bởi những yếu kém và thiếu minh bạch trong quản lý, ảnh hưởng đến hiệu quả sử dụng vốn nhà nước.
Không ai biết dòng vốn nhà nước trong doanh nghiệp đang chảy như thế nào, không có cơ chế báo cáo chính xác và giám sát hiệu quả để cảnh báo được yếu kém rủi ro, chỉ phát hiện ra đến khi sự việc xảy ra và rút cục chỉ là đi giải quyết hậu quả. Điều này cho thấy, công cuộc tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước tuy đã triển khai nhiều đầu việc nhưng chưa có chuyển biến đáng kể.