Hiệu quả sử dụng vốn của Vinacomin khá thấp, lợi nhuận liên tục giảm.
Cụ thể theo quy định, Vinacomin phải xây dựng kế hoạch sử dụng quỹ Thăm dò, quỹ Môi trường trong trung và dài hạn, song thực tế việc này chưa được thực hiện đầy đủ. Tập đoàn này cũng chưa mở tài khoản riêng tại ngân hàng thương mại để theo dõi, hạch toán các khoản lãi phát sinh và tăng nguồn các quỹ theo quy định của Bộ Tài chính.
Việc trích lập và sử dụng tiền cũng chưa đúng quy định với khoảng trích vượt quỹ Môi trường 114 tỷ đồng trong năm 2012. Doanh nghiệp cũng sử dụng quỹ để đầu tư cho các dự án, đề án không đúng quy định giai đoạn 2010-2014 tổng cộng gần 239 tỷ đồng (quỹ Thăm dò 191 tỷ đồng, quỹ Môi trường 47,6 tỷ đồng). Đồng thời, Vinacomin còn sử dụng quỹ Thăm dò để đầu tư cho hoạt động khai thác khoáng sản ngoài than lớn hơn số trích lập 371 tỷ đồng.
Công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự án, thiết kế, dự toán của một số đề án, dự án đầu tư còn hạn chế. Nhiều dự án từ công tác khảo sát, thiết kế đã không phù hợp điều kiện thực tế, phê duyệt không có khối lượng hoặc khối lượng khoan thăm dò lớn hơn quy định, phê duyệt khi chưa được Tổng Cục Địa chất & khoáng sản - Bộ Tài nguyên & Môi trường thẩm định... Thậm chí, có dự án còn được phê duyệt trước khi có báo cáo đánh giá tác động môi trường, thiết kế bản vẽ thi công - dự toán được duyệt trước cả dự án đầu tư...
Kiểm toán cho biết hầu hết các đề án khoan thăm dò không tổ chức lựa chọn nhà thầu theo quy định. Vinacomin chỉ định đơn vị thi công trong quyết định phê duyệt đề án. Chẳng hạn đề án thăm dò mỏ Hà Ráng (Công ty Than Hạ Long), nhà thầu lập đề án thăm dò được chỉ định là nhà thầu trực tiếp thi công.
Tiến độ thực hiện nhiều đề án còn chậm. Cụ thể là đề án Thăm dò bôxít chậm 2-3 năm; Gói thầu số 05 Dự án Đầu tư xây dựng tuyến đường ôtô từ cầu chui Vàng Danh đến trạm chuyển tải Khe Thần chậm 561 ngày; Gói thầu xây dựng, thi công đập môi trường số 5 Xí nghiệp sắt Nà Lũng chậm 124 ngày...
Một số đề án triển khai khi chưa được cấp phép, vượt phạm vi, giới hạn của giấy phép, một số khác quyết toán vượt tổng mức đầu tư, như 2 đề án của Công ty Than Hạ Long, 2 đề án của Công ty Than Uông Bí và đề án của Công ty Than Dương Huy, một đề án của Công ty Than Mạo Khê...
Trên thực tế, dù sản lượng khai thác than vẫn tăng song lợi nhuận của tập đoàn giảm mạnh trong những năm gần đây. Năm 2015, doanh thu tập đoàn đạt 106.860 tỷ đồng, song lợi nhuận giảm xuống còn 600 tỷ đồng. Năm 2016, tập đoàn đặt mục tiêu tiêu thụ 38 triệu tấn than, trong đó xuất khẩu 36,8 triệu tấn. Mục tiêu doanh thu năm 2016 được nâng lên 110.016 tỷ đồng, với lợi nhuận 1.000 tỷ đồng, nộp ngân sách 12.250 tỷ đồng.
