Theo kết luận, khu đất có những sai phạm chính về việc thu hồi đất, giao đất có tiền sử dụng đất; nghĩa vụ tài chính; góp vốn và chuyển nhượng cổ phần.
Cụ thể, với sai phạm từ việc thu hồi đất, giao đất có tiền sử dụng đất, Thanh tra Chính phủ nêu: UBND thành phố Hà Nội thu hồi 23.380 m2 đất cơ sở sản xuất của Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1, giao cho Công ty cổ phần thương mại Hưng Việt theo hình thức giao đất có thu tiền sử dụng đất để thực hiện dự án nhà ở, không thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng để đấu giá quyền sử dụng đất theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 58 Luật Đất đai 2003. Mặt khác, hai công ty ký phụ lục hợp đồng liên doanh, trong đó có việc hỗ trợ di dời và đền bù tài sản trên đất của chính Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1.
UBND thành phố Hà Nội giao cho Công ty cổ phần Thương mại Hưng Việt 3.557 m2 đất (thuộc quỹ đất 20% của thành phố) theo hình thức giao đất có thu tiền sử dụng đất để thực hiện Dự án nhà ở bán cho cán bộ, công chức Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội (Quyết định số 2275/QĐ-UBND ngày 26/3/2012), vi phạm khoản 1 Điều 58 Luật Đất đai 2003.
Trách nhiệm về những sai phạm nói trên thuộc về UBND thành phố Hà Nội, các sở, ngành có liên quan.
Với sai phạm trong việc thực hiện nghĩa vụ tài chính, theo Thanh tra Chính phủ, khối đế công trình Nhà ở N01 được chấp thuận điều chỉnh bổ sung 02 thang máy ngoài toà nhà, với diện tích 16,8 m2, bổ sung diện tích sàn tầng lửng 547 m2, diện tích tầng kỹ thuật 1.888 m2 nhưng chưa xác định và thực hiện nghĩa vụ tài chính bổ sung.
Trách nhiệm thuộc về Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Tài chính, UBND Thành phố Hà Nội và Công ty cổ phần Thương mại Hưng Việt.
Cùng với đó, việc Công ty cổ phần Thương mại Hưng Việt thông báo yêu cầu Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1 nộp 48,003 tỷ đồng để nộp tiền sử dụng đất của dự án khu trung tâm thương mại, dịch vụ và nhà ở là không đúng với thoả thuận tại Phụ lục của Hợp đồng liên doanh đã ký kết.
Trách nhiệm thuộc về Công ty cổ phần Thương mại Hưng Việt và Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1
Với sai phạm trong việc góp vốn và chuyển nhượng cổ phần, theo Thanh tra Chính phủ, Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1 góp vốn liên doanh bằng tiền, thực chất bằng giá trị quyền sử dụng đất thể hiện qua việc góp vốn bằng một phần kinh phí hỗ trợ di dời và đền bù tài sản trên đất là tài sản của Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1 là không đúng quy định pháp luật về đất đai, sau đó không xác định lại giá trị góp vốn vào liên doanh để tính toán lại lợi ích được hưởng của phần vốn nhà nước trong liên doanh.
Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1 chuyển nhượng 3,2 triệu cổ phần tại Công ty cổ phần Thương mại Hưng Việt cho Công ty cổ phần Đầu tư dịch vụ tài chính Hoàng Huy theo mệnh giá, không đấu giá, không thẩm định giá cổ phần khi chuyển nhượng, vi phạm khoản 4 Điều 16 Nghị định số 09/2009/NĐ-CP ngày 5/2/2009 của Chính phủ.
Trách nhiệm thuộc về Giám đốc là Người đại diện phần vốn Nhà nước tại Công ty cổ phần Cơ khí chính xác số 1 và các bộ phận chuyên môn nghiệp vụ có liên quan.