Vào tháng 5/1998, ông Lương Ngọc Phi bị khởi tố, bắt tạm giam để điều tra về hành vi trốn thuế và lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản xã hội chủ nghĩa. Thời điểm xảy ra vụ án, công ty của ông Lương đã vay Ngân hàng Công thương hơn 8,5 tỷ đồng, nhưng không trả được nợ.
Cho rằng hành vi của ông Lương phạm vào tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản xã hội chủ nghĩa, cơ quan cảnh sát điều tra đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Lương Ngọc Phi.
Kết quả điều tra cho thấy, số tiền vay của Ngân hàng Công thương, ông Phi dùng để kinh doanh, đầu tư, trả ngân hàng, một phần bị người khác chiếm đoạt, còn lại hơn 985 triệu đồng ông Phi không chứng minh được đã dùng vào việc kinh doanh hoặc bị chiếm dụng và cũng không có khả năng trả nợ. Ông Phi bị cáo buộc phải chịu trách nhiệm về số tiền 985 triệu đồng nêu trên.
Tháng 9/1999, TAND tỉnh Thái Bình đưa vụ án ra xét xử và tuyên phạt ông Phi 17 năm tù về cả hai tội trên. Ông Phi đã kháng cáo.
Tháng 4/2000, tòa phúc thẩm TAND Tối cao tại Hà Nội đã xét xử phúc thẩm và nhận định hành vi của ông Phi không cấu thành tội phạm; tòa cấp sơ thẩm kết án ông Phi là có dấu hiệu hình sự hóa quan hệ dân sự. Chính vì thế, tòa phúc thẩm đã tuyên ông Phi không phạm tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản xã hội chủ nghĩa và hủy phần tội trốn thuế để điều tra lại.
Đối với hành vi trốn thuế, Viện KSND tỉnh Thái Bình ra quyết định đình chỉ điều tra bị can đối với ông Lương Ngọc Phi vì hành vi trốn thuế không cấu thành tội phạm. Sau khi được minh oan, ông Phi đã yêu cầu TAND tỉnh Thái Bình bồi thường thiệt hại, nhưng hai bên không thống nhất được mức đền bù. Vụ án đã trải qua nhiều lần xét xử.
Ngày 4/8/2015, TAND TP. Thái Bình mở phiên tòa sơ thẩm lần hai. Trước khi phiên tòa được mở lại, TAND TP. Thái Bình đã ban hành biên bản định giá đối với toàn bộ khối tài sản bị phát mại trong vụ án mà ông Phi bị khởi tố, truy tố và tuyên án sai. Theo đó, tổng số tiền định giá đối với khối tài sản của ông Phi là gần 28 tỷ đồng. Tại phiên tòa, HĐXX đã tuyên TAND TP. Thái Bình đã tuyên buộc TAND tỉnh Thái Bình phải bồi thường cho ông Lương Ngọc Phi gần 23 tỷ đồng.
Sau phiên tòa sơ thẩm, TAND tỉnh Thái Bình đã có đơn kháng cáo nêu ra 4 căn cứ kháng cáo. Theo đó, tòa án tỉnh cho rằng, tòa án Thành phố đã nhận thức sai về quan hệ tài sản giữa tài sản riêng của Công ty Khai thác chế biến nông sản xuất khẩu Hòa Bình là Công ty TNHH được thành lập theo Luật Công ty và tài sản của cá nhân ông Phi.
Tòa án tỉnh Thái Bình cũng cho rằng, số thiệt hại mà ông Lương Ngọc Phi yêu cầu bồi thường do bị Công an thu giữ và phát mại chưa chuẩn xác (như Biên bản tổng hợp tang vật vụ án ngày 1/6/1999 mà buộc tòa án tỉnh phải bồi thường tòa bộ những thiệt hại về tài sản do cơ quan điều tra thu giữ và phát mại là không đúng pháp luật.
Theo tòa án tỉnh, bản án phúc thẩm năm 2000 đã tuyên xử phần dân sự, hình sự trong bản án. Tòa án tỉnh đã đại diện cho các cơ quan tiến hành tố tụng bồi thường thiệt hại về tinh thần, tổn hại sức khỏe, thiệt hại do thu nhập thực tế bị mất là hơn 668 triệu đồng. Phần dân sự còn tuyên trích tiền bán tài sản của ông Phi trả cho 2 cá nhân và Vietinbank Thái Bình để đối trừ khoản nợ của ông Lương Ngọc Phi. Bản án này không có khiếu nại, kháng nghị nên đã có hiệu lực.
Nay TAND Thành phố đưa ra xét xử lại là trái luật. Tòa án tỉnh không phải là bị đơn bồi thường dân sự trong oan sai, nên không tham gia thương lượng giải quyết bồi thường tài sản. Khi chưa qua thương lượng thì chưa đủ điều kiện ra tòa nên TAND Thành phố chưa được thụ lý.
Ông Lương Ngọc Phi cũng đệ đơn kháng cáo đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm chấp nhận yêu cầu về khoản bồi thường tiền lương cho 2 nhân viên coi kho là 34 triệu đồng và thiệt hại do không sử dụng, khai thác từ tài sản là 33,4 tỷ đồng. Ông Phi cũng yêu cầu TAND tỉnh Thái Bình phải bồi thường 32,2 tỷ đồng và Công an tỉnh Thái Bình bồi thường 32,2 tỷ đồng.
