Năm 2016, TCO gặp nhiều khó khăn nên doanh thu đạt hơn 157 tỷ đồng, hoàn thành 71,55% kế hoạch; lợi nhuận sau thuế đạt 27,8 tỷ đồng, hoàn thành 99,2% kế hoạch.
Các hãng tàu cắt giảm chi phí đầu vào khiến dịch vụ hậu cần cho các hãng tàu của TCO gặp khó khăn. Một số hãng tàu là khách hàng lớn của Công như EVERGreen Line, Heung A đã liên doanh với các cảng (góp vốn vào cảng, đầu tư kinh doanh bãi) nên sản lượng của TCO bị sụt giảm. Trong khi đó, những dự án lớn của Tân Cảng, Liên Việt Logistic hay cảng Gemadept được đưa vào sử dụng nên sản lượng của một số khách hàng bị chia sẻ như KMTC, Sinotrans.
