Sự việc Công ty trách nhiệm hữu hạn Giao nhận vận tải Việt Hải khởi kiện Chi cục Thuế quận Ba Đình mới đây là trường hợp điển hình về sai khác trong áp dụng luật của doanh nghiệp.
Theo đó, Công ty Giao nhận vận tải Việt Hải được thành lập vào ngày 19/11/2014, cấp giấy phép đăng ký ngày 3/7/2015. Từ ngày bắt đầu hoạt động, doanh nghiệp áp dụng tính thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng (GTGT).
Ngày 6/7/2015, Công ty Việt Hải nộp mẫu số 06/GTGT tới Chi cục Thuế quận Ba Đình (Hà Nội) đăng ký phương pháp kê khai thuế GTGT khấu trừ. Chi cục thuế quận Ba Đình đã ra thông báo số 7583 không xác nhận đơn đăng ký của doanh nghiệp.
Sau khi khiếu nại mà vẫn nhận được câu trả lời trên, Công ty Việt Hải đã khởi kiện, yêu cầu hủy thông báo số 7583 và cơ quan thuế phải bồi thường thiệt hại số tiền 50 triệu đồng. Bản án sơ thẩm năm 2016 đã tuyên bác đơn khởi kiện của Công ty. Không đồng tình, doanh nghiệp tiếp tục kháng cáo lên cấp phúc thẩm - Tòa án nhân dân TP. Hà Nội.
Trong thông báo trả lời khiếu nại của doanh nghiệp, Chi cục Thuế quận Ba Đình viện dẫn Khoản 7, Điều 11, Thông tư 156/2013/TT-BTC, hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ và Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng, Nghị định số 209 của Chính phủ quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng.
Theo đó, Công ty Việt Hải thành lập sau ngày 1/1/2014 nên thuộc trường hợp cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Chi cục Thuế quận Ba Đình xác định doanh nghiệp thuộc trường hợp điểm a, Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC: “Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới 1 tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ”.
Các điều luật dẫn chiếu trên đưa ra kết luận, doanh nghiệp phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20/12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới, hoặc năm người nộp thuế tự nguyện áp dụng theo phương pháp khấu trừ.
Tuy nhiên, theo cách hiểu của doanh nghiệp, người nộp thuế nộp đơn của năm đó, không cần thiết trước ngày 20/12.
Công ty Việt Hải cũng cho rằng, doanh nghiệp mới hoạt động gần 8 tháng (chưa đủ 12 tháng) và không có doanh thu. Vì vậy, Công ty thuộc trường hợp quy định tại điểm c, Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC, không phải điểm a như cơ quan thuế xác định. Khi đó, Công ty chỉ cần gửi thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng với hồ sơ đăng ký thuế.
Hội đồng xét xử bác bỏ lập luận trên của Công ty Việt Hải, bởi theo quy định pháp luật, kể cả doanh nghiệp hoạt động không có doanh thu vẫn thuộc trường hợp doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng, thuộc điểm a Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
Theo công văn 1097/TCT-KK Tổng cục Thuế trả lời Cục Thuế TP. Hà Nội về một số vướng mắc trong việc tiếp nhận mẫu 06/GTGT, trường hợp doanh nghiệp mới thành lập khi xác định thuộc trường hợp được đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thì phải nộp mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đầu tiên phát sinh.
Áp dụng điểm c, Khoản 3, điều 10, thông tư 156/2013/BTC, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế năm chậm nhất là ngày thứ 30 (ba mươi) của tháng đầu tiên của năm dương lịch. Thời gian nộp hồ sơ muộn nhất được xác định đến ngày 30/1/2015. Tuy nhiên, đến ngày 6/7/2015, Công ty mới nộp hồ sơ là không đúng thời hạn nêu trên. Vì vậy, cấp phúc thẩm bác đơn kháng cáo của doanh nghiệp.
