Ông Thiện biết rõ xuất xứ lô thuốc và con dấu của Công ty Helix Canada là giả nhưng vẫn để cho Nguyễn Minh Hùng (nguyên Tổng Giám đốc Công ty cổ phần VN Pharma) và cấp dưới thực hiện hành vi hợp thức hóa để tiêu thụ lô thuốc là vi phạm pháp luật nghiêm trọng.
Đây là vụ án được dư luận rất quan tâm. Từ năm 2013-2014, Nguyễn Minh Hùng đặt Võ Mạnh Cường (nguyên Giám đốc Công ty Hàng hải Quốc tế H&C) mua thuốc tân dược của Công ty HelixPharmaceuticals Canada sản xuất để cung cấp cho các bệnh viện ở Việt Nam, trong đó có 9.300 hộp thuốc H-Capita 500mg Caplet để chữa bệnh ung thư.
Do không có hồ sơ kỹ thuật, tiêu chuẩn và phương pháp kiểm nghiệm thuốc để nộp cho Cục Quản lý dược, Bộ Y tế thẩm định theo quy định, Hùng chỉ đạo nhân viên làm giả hồ sơ kỹ thuật thuốc H-Capita 500mg. Ngoài ra, các nhân viên của VN Pharma còn làm giả các chứng từ, thủ tục thanh toán để được Bộ Y tế cấp giấy phép nhập khẩu lô thuốc này.
Sau khi được Cục Quản lý dược đồng ý, tháng 4/2014, Công ty VN Pharma mở tờ khai hải quan nhập khẩu 9.300 hộp thuốc H-Capita 500mg trị giá hơn 250.000 USD (khoảng hơn 5,3 tỷ đồng). Nghi ngờ nguồn gốc thuốc, Cục Quản lý dược thanh tra Công ty VN Pharma, kiểm tra lô hàng.
Kết quả mẫu giám định của Bộ Y tế cho thấy lô thuốc nhập khẩu này chứa 97% hoạt chất capecitabine - là thuốc không rõ nguồn gốc, kém chất lượng, không được sử dụng làm thuốc chữa bệnh cho người. Ngày 25/11/2015, Bộ Công an khởi tố vụ án, bắt giam các đối tượng.
Ngày 25/8/2017, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Minh Hùng và Võ Mạnh Cường cùng 12 năm tù về tội “Buôn lậu.” Liên quan đến vụ án, bảy bị cáo khác bị phạt thấp nhất từ 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo đến cao nhất 5 năm tù về các tội "Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức” và "Buôn lậu."
Sau đó khi xét xử phúc thẩm, ngày 30/10/2017, Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên hủy toàn bộ bản án, yêu cầu điều tra lại và kiến nghị điều tra hàng loạt cá nhân liên quan.
Theo cấp phúc thẩm, kết luận giám định chất lượng lô thuốc có nhiều mâu thuẫn, không phù hợp với quy định của pháp luật. Cấp sơ thẩm tuyên phạt các bị cáo về tội “Buôn lậu” là chưa phù hợp.