Công tác kiểm soát hải quan đã được đẩy mạnh, qua đó góp phần bảo đảm an ninh quốc gia, chống thất thu thuế và góp phần bình ổn thị trường. Ngành đã phát hiện, bắt giữ 19.485 vụ vi phạm pháp luật hải quan, giá trị hàng hóa ước tính 639,5 tỷ đồng. Công tác kiểm tra sau thông quan được đẩy mạnh với việc kiểm tra, đánh giá 2.016 DN (bằng 241% so với năm 2010). Qua công tác phúc tập hồ sơ, ngành đã ra quyết định truy thu 47,5 tỷ đồng tiền thuế (đã nộp ngân sách 42,5 tỷ đồng).
Với vai trò là cơ quan thống kê nhà nước về số liệu hoạt động xuất nhập khẩu (XNK) của cả nước, Tổng cục Hải quan đã công bố kim ngạch XNK làm thủ tục thông quan tính đến ngày 25-12 chính thức cán mốc 200 tỷ USD. Trong năm 2011 số DN tham gia đăng ký làm thủ tục hải quan là 47.000 DN, tăng 4,5% so với năm 2010; số tờ khai hàng hóa xuất khẩu đăng ký làm thủ tục hải quan năm 2011 là 2,3 triệu tờ khai, tăng 14,6%; số tờ khai nhập khẩu là 2,4 triệu tờ khai, tăng 11,3%. Kết quả này có một phần đóng góp quan trọng của cơ quan hải quan trong việc tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại, giảm thiểu thủ tục hành chính và thời gian cho DN.
Năm 2012, ngành phấn đấu thu ngân sách đạt 223.900 tỷ đồng, vượt chỉ tiêu được giao, thu hồi nợ đọng thuế đạt 1.500 tỷ đồng. Tiếp tục đẩy mạnh cải cách, hiện đại hóa thủ tục hải quan nhằm góp phần xây dựng môi trường kinh doanh thuận lợi, minh bạch tại Việt
