Bộ Tài chính "vận dụng", Thanh tra Chính phủ bảo làm sai
Sau hàng loạt DN niêm yết như: BMP, PAC, S99, VTS… bị truy thu thuế, sắp tới sẽ có thêm các DN bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) liên quan đến thực hiện chính sách ưu đãi thuế đối với DN niêm yết lần đầu. Tuy nhiên, việc truy thu ưu đãi thuế của cơ quan thuế thời gian qua đã vấp phải sự phản ứng khá mạnh mẽ của các DN niêm yết.
Trước sự phản ứng của DN, ngày 3/1/2014, Bộ Tài chính có Công văn 97/BTC-TCT báo cáo chi tiết vấn đề và xin ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
Thực tế, vào năm 2000, để khuyến khích các công ty cổ phần tiến hành niêm yết cổ phiếu trên TTCK, nhằm thúc đẩy TTCK phát triển, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định 39/2000 ngày 27/3/2000 quy định tạm thời ưu đãi về thuế đối với hoạt động kinh doanh chứng khoán. Trong đó quy định: “Ngoài việc được hưởng ưu đãi về thuế TNDN theo quy định của pháp luật hiện hành, đối với tổ chức phát hành chứng khoán niêm yết, còn được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 2 năm tiếp theo kể từ khi niêm yết chứng khoán lần đầu tại Trung tâm giao dịch chứng khoán…”.
Tuy nhiên, Quyết định 39/2000 hết hiệu lực từ ngày 27/3/2003. Từ ngày 1/1/2004, Luật Thuế TNDN sửa đổi không quy định miễn, giảm thuế TNDN đối với các DN có chứng khoán niêm yết.
Vào thời điểm đó, căn cứ tình hình thực tế và chủ trương, chính sách của Chính phủ để thúc đẩy TTCK phát triển, Bộ Tài chính đã vận dụng Quyết định 39/2000, ban hành Công văn 11924/TC-CST ngày 20/10/2004 về ưu đãi thuế TNDN đối với tổ chức niêm yết chứng khoán và Công văn 10997/BTC-CST ngày 8/9/2006 về ưu đãi thuế TNDN đối với tổ chức niêm yết, đăng ký giao dịch chứng khoán. Trong đó hướng dẫn: các DN có cổ phần niêm yết lần đầu trên TTCK từ ngày 1/1/2004 đến 31/12/2006 được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 2 năm kể từ khi thực hiện việc niêm yết. Trường hợp tổ chức niêm yết, đăng ký giao dịch chứng khoán đang trong thời gian được miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN, thì thời gian hưởng ưu đãi do có chứng khoán được niêm yết hoặc đăng ký giao dịch được tính liên tục kể từ khi kết thúc thời hạn miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN. Kể từ 1/1/2007 bãi bỏ ưu đãi về thuế TNDN đối với các tổ chức niêm yết chứng khoán, tổ chức đăng ký giao dịch chứng khoán.
Năm 2008, Thanh tra Chính phủ thực hiện thanh tra diện rộng ngành thuế với niên độ thanh tra từ 2005-2007. Kết luận thanh tra tại Tổng cục Thuế số 2955/KL-TTCP-V.II ngày 31/12/2008 của Thanh tra Chính phủ đã nêu, việc xử lý ưu đãi thuế TNDN đối với DN niêm yết chứng khoán lần đầu trong giai đoạn 2004-2006 là trái quy định, gây thất thu NSNN và kiến nghị truy thu thuế các DN này.
Trước diễn biến trên, năm 2008, Bộ Tài chính đã có báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ. Sau đó Văn phòng Chính phủ đã có Thông báo số 318/TB-VPCP ngày 13/11/2008 và Thông báo số 111/TB-CPCP ngày 1/4/2009 thông báo kết luận của Thủ tướng Chính phủ với nội dung: “Việc Bộ Tài chính hướng dẫn tạm thời áp dụng Quyết định 39/2000 của Thủ tướng Chính phủ cho phép tổ chức chứng khoán được giảm 50% thuế TNDN phải nộp thời gian 2 năm, kể từ khi có chứng khoán được niêm yết lần đầu trên TTCK là xuất phát từ thực tế và yêu cầu của Nghị quyết số 01/2004 ngày 12/1/2004 của Chính phủ, nhằm hỗ trợ và tạo điều kiện thúc đẩy TTCK phát triển trong giai đoạn đầu theo chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước. Thủ tướng Chính phủ chấp thuận với biện pháp mà Bộ Tài chính đã thực hiện giảm 50% thuế TNDN đối với tổ chức niêm yết chứng khoán trong thời gian 2 năm, kể từ khi có chứng khoán được niêm yết lần đầu trên TTCK trong giai đoạn 2004-2006…”.
Theo Bộ Tài chính, căn cứ Thông báo 318/TB-VPCP, để đảm bảo quyền lợi cho các DN có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006, không kéo dài thời gian hưởng ưu đãi thuế TNDN cho trường hợp này để từ ngày 1/1/2009 thực hiện ưu đãi thuế TNDN theo đúng quy định của Luật Thuế TNDN sửa đổi năm 2008, Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) đã ban hành Công văn 148/TCT-PC ngày 14/1/2011 và Công văn 2924/TCT-PC ngày 19/8/2011 chỉ đạo Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về việc ưu đãi thuế TNDN do niêm yết chứng khoán lần đầu giai đoạn 2004-2006.
Theo đó, kể từ năm niêm yết chứng khoán đến năm 2008: Trường hợp DN hết thời gian miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN, DN mới kê khai giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán; hoặc trường hợp DN hết thời gian miễn thuế TNDN, đang trong thời gian giảm thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN đã kê khai đồng thời giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán và quy đổi thành năm miễn thuế TNDN, thì DN được hưởng đủ 2 năm giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán lần đầu.
Trường hợp năm tài chính 2008 là năm đầu tiên DN đã kê khai ưu đãi giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán lần đầu, thì DN tiếp tục được hưởng ưu đãi giảm 50% thuế TNDN một năm còn lại vào năm 2009.
Trường hợp các DN đến năm 2008 vẫn chưa kê khai hưởng ưu đãi giảm 50% số thuế TNDN phải nộp do có chứng khoán niêm yết lần đầu trong giai đoạn 2004-2006, thì từ năm 2009 theo quy định của Luật Thuế TNDN sửa đổi có hiệu lực từ 1/1/2009, DN không được hưởng ưu đãi giảm 50% số thuế TNDN phải nộp do có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006.
31 DN trong diện bị truy thu thuế
Theo Bộ Tài chính, kết quả kê khai hưởng ưu đãi thuế TNDN của các DN có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006 cho thấy, số DN có chứng khoán niêm yết lần đầu trong giai đoạn này là 163 DN. Trong đó, số DN đủ điều kiện hưởng ưu đãi là 106 DN, với tổng số thuế ưu đãi là 2.581,36 tỷ đồng. Số DN không đủ điều kiện hưởng ưu đãi (năm 2009 mới kê khai hưởng ưu đãi thuế TNDN do có chứng khoán niêm yết lần đầu trong giai đoạn 2004-2006) là 31 DN, với tổng số thuế là 405,96 tỷ đồng, trong đó cơ quan thuế đã thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với 23 DN, với tổng số tiền thuế TNDN dự kiến phải truy thu là 238,58 tỷ đồng, tổng số tiền DN đã nộp vào NSNN là 68,8 tỷ đồng. Nguyên nhân là do các DN chờ hết thời gian hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN mới kê khai hưởng ưu đãi do có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006.
Số DN không kê khai và chưa kê khai hưởng ưu đãi do có chứng khoán niêm yết lần đầu trong giai đoạn 2004-2006 là 26 DN. Nguyên nhân là do các DN đang trong thời gian hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật Thuế TNDN, chờ hết thời thời gian hưởng ưu đãi theo Luật Thuế TNDN mới kê khai hưởng ưu đãi do có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006; DN đang bị lỗ nên chưa có thu nhập để kê khai hưởng ưu đãi…
Vừa qua một số DN có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006, nhưng từ năm 2009 trở đi mới kê khai ưu đãi, cơ quan thanh tra, kiểm tra xử lý truy thu thuế TNDN theo hướng dẫn tại Công văn 2924/TCT-PC. DN có văn bản kiến nghị Bộ Tài chính được áp dụng kê khai ưu đãi thuế TNDN do niêm yết chứng khoán từ năm 2009 do trước năm 2009 DN chưa hết thời gian ưu đãi miễn, giảm thuế theo quy định của Luật Thuế TNDN. Về kiến nghị này, Bộ Tài chính đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo hướng: theo quy định của Luật Thuế TNDN, thì trong cùng một thời gian DN được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo các trường hợp khác nhau, thì DN chỉ được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế TNDN cho trường hợp có mức ưu đãi thuế cao nhất. Vì vậy, các DN trước năm 2009 đang trong thời gian hưởng mức ưu đãi thuế TNDN do có chứng khoán niêm yết lần đầu theo hướng dẫn của Bộ Tài chính đã lựa chọn và kê khai ưu đãi theo quy định của Luật Thuế TNDN, với mức ưu đãi cao hơn ưu đãi thuế TNDN do niêm yết chứng khoán. Các DN này từ năm 2009 không được hưởng ưu đãi thuế TNDN do niêm yết chứng khoán nữa, đảm bảo từ năm 2009 việc ưu đãi thuế TNDN thực hiện theo đúng quy định của Luật Thuế TNDN. Việc hướng dẫn ưu đãi thuế TNDN cho các DN niêm yết chứng khoán theo hướng dẫn của Bộ Tài chính là biện pháp xử lý tồn tại cũ, không nên kéo dài.
Vì những lý do trên, Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ chấp nhận biện pháp mà Bộ đã xử lý ưu đãi thuế TNDN đối với các DN có chứng khoán niêm yết lần đầu giai đoạn 2004-2006 được giảm 50% trong năm 2007-2008; không kéo dài thực hiện ưu đãi này từ năm 2009. Những DN đã kê khai ưu đãi sai phải thu hồi và không thực hiện phạt hành chính, phạt chậm nộp do nguyên nhân bất khả kháng… Trên cơ sở đề xuất này, tại Công văn 794/VPCP-KTTH ngày 29/1/2014, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý với đề nghị của Bộ Tài chính.
Trong một diễn biến có liên quan, ông Nguyễn Quốc Chưởng, Phó trưởng phòng Kế toán CTCP Sông Đà 909 (S99), cho biết, S99 vừa nhận được Giấy báo 292/GB-HC của Tòa án nhân dân TP Hà Nội về việc ngày 15/4 tới, Tòa sẽ mở phiên tòa hành chính sơ thẩm để xử vụ S99 khởi kiện Cục Thuế TP Hà Nội về việc truy thu hơn 2,77 tỷ đồng tiền thuế đối với S99 do cơ quan thuế không chấp nhận điều kiện ưu đãi giảm 50% số thuế TNDN phải nộp năm 2009 do S99 niêm yết lần đầu. ĐTCK sẽ thông tin về vụ xét xử này.
