Vừa qua, Tòa án nhân dân Cấp cao tại Hà Nội xét xử phúc thẩm vụ án hành chính liên quan đến quyết định truy thu thuế của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Ninh Bình đối với Công ty TNHH Cán thép Tam Điệp. Cụ thể, vào ngày 27/10/2017, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Ninh Bình ban hành Quyết định số 3598 có nội dung xử lý vi phạm về thuế đối với Cán thép Tam Điệp từ tháng 1 - 12/2012; truy thu thuế giá trị gia (GTGT) tăng số tiền 63,5 tỷ đồng; giảm thuế thu nhập doanh nghiệp số tiền 15,8 tỷ đồng.
Không đồng tình với quyết định trên, Cán thép Tam Điệp đã khởi kiện ra tòa án vì cho rằng quyết định truy thu thuế là không có căn cứ. Tòa án nhân dân tỉnh Ninh Bình đã xét xử sơ thẩm và tuyên chấp nhận đơn khởi kiện của doanh nghiệp, hủy Quyết định số 3598. Do đó, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Ninh Bình kháng cáo bản án lên cấp phúc thẩm.
Những lời trình bày của các bên cho thấy, Công ty Thép Kyoie Steel Singapore Corporation Pte.Ltd và ông Đặng Lê Hoa thỏa thuận góp vốn thành lập Công ty TNHH Thép Kyoei Việt Nam.
Trong đó, Thép Kyoei Việt Nam góp vốn bằng tiền mặt và ông Hoa góp vốn bằng 30% giá trị dự án. Ông Hoa là người nắm giữ phần lớn vốn góp tại Cán thép Tam Điệp - chủ đầu tư dự án Nhà máy cán thép chất lượng cao Tam Điệp tại Khu công nghiệp Tam Điệp (dự án 1) và dự án Nhà máy luyện, cán thép chất lượng cao tại Khu công nghiệp Khánh Phú (dự án 2). Năm 2012, Thép Kyoei Việt Nam nhận chuyển nhượng 70% dự án 1 và dự án 2 từ Cán thép Tam Điệp. Tổng giá trị hợp đồng là 699,2 tỷ đồng.
Ngày 16/7/2013, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Ninh Bình lập biên bản kiểm tra tại trụ sở kết luận, Cán thép Tam Điệp xác định sai chi phí, dẫn đến thiếu số thuế phải nộp ngân sách nhà nước là 1,9 tỷ đồng, mà không đề cập đến các khoản nộp khác. Tuy nhiên, đến ngày 22/9/2017, Cục Thuế Ninh Bình ban hành phụ lục biên bản kiểm tra, xác định thuế GTGT doanh nghiệp phải nộp là 63,4 tỷ đồng và tới ngày 27/10/2017, cơ quan này ban hành Quyết định số 3598.
Cục Thuế Ninh Bình cho biết, quá trình kiểm tra gặp vướng mắc về chính sách thuế đối với chuyển nhượng các dự án trên, nên gửi công văn hỏi Tổng cục Thuế. Ngày 9/5/2017, Tổng cục Thuế trả lời “xác định hợp đồng là chuyển nhượng dự án”.
Căn cứ để Cục Thuế Ninh Bình ban hành Quyết định số 3598 là Nghị định số 83/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế sửa đổi 2012 và Khoản 3, điều 8 Luật Thuế GTGT 2008, theo đó chuyển nhượng dự án không thuộc nhóm hàng hóa, dịch vụ quy định tại Khoản 1, Khoản 2 - Điều 8 của Luật, nên thuộc nhóm thuế suất GTGT là 10%.
Tuy nhiên, tòa án nhận định, Thép Kyoie Việt Nam được thành lập trên cơ sở chuyển nhượng vốn, tài sản là dự án 1 và dự án 2. Việc gọi là chuyển nhượng dự án hay chuyển nhượng vốn thì không khác nhau về bản chất.
Tại thời điểm Tổng cục Thuế có công văn thì các văn bản pháp luật quy định cụ thể việc chuyển nhượng dự án không phải nộp thuế. Luật Thuế GTGT 2008 không quy định chuyển nhượng dự án phải nộp thuế. Thông tư 13/VBHN-BTC giải thích, tổ chức cá nhân chuyển nhượng dự án đầu tư không phải nộp thuế.
Việc giải thích của Thông tư 13 phù hợp với bản chất của hợp đồng chuyển nhượng và Khoản 2, Điều 152 - Luật Ban hành văn bản năm 2015, đó là không quy định hiệu lực trở về trước với các trường hợp: Quy định trách nhiệm pháp lý mới đối với hành vi mà vào thời điểm thực hiện hành vi đó pháp luật không quy định trách nhiệm pháp lý và quy định trách nhiệm pháp lý nặng hơn.
Mặt khác, Cục Thuế Ninh Bình chỉ có biên bản kiểm tra ngày 16/7/2013 và phụ lục biên bản kiểm tra ngày 22/9/2017, không lập biên bản vi phạm hành chính về thuế là vi phạm Điều 22, Điều 38 - Thông tư số 166 /2013/TT-BTC hướng dẫn xử lý về việc thu thuế và Điều 58 - Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012.
Trường hợp cho rằng, biên bản kiểm tra ngày 16/7/2013 thay cho biên bản vi phạm thì trái với Điều 58 - Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012 vì thời kỳ kiểm tra từ tháng 1 đến tháng 12/2012, nhưng biên bản kiểm tra có thời gian kéo dài là 4 năm, 2 tháng, 6 ngày (từ 16/7/2013 đến 22/9/2017). Cục Thuế Ninh Bình cũng không thực hiện thủ tục yêu cầu doanh nghiệp thực hiện giải trình theo quy định. Về hình thức, quyết định không áp dụng đúng mẫu.
Cục thuế cho rằng, lý do sau hơn 4 năm mới ban hành phụ lục và Quyết định số 3598 là do doanh nghiệp, cơ quan thuế không thống nhất quan điểm và quy định pháp luật còn có ý kiến khác nhau về việc áp dụng pháp luật. Tòa cho rằng, việc giải trình này không đúng với nhiệm vụ, công vụ pháp luật quy định đối với Cục trưởng Cục thuế.
Vì lý do trên, tòa án phúc thẩm tiếp tục tuyên hủy Quyết định số 3598.
