Ngoài 24 bị can đã bị khởi tố, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã quyết định khởi tố thêm 22 bị can khác, nâng tổng số bị can trong vụ án lên 46 người.
Theo Kết luận điều tra, năm 2012, nhóm Thiên Thanh (do Phạm Công Danh đại diện sở hữu) nhận chuyển nhượng cổ phần chi phối Ngân hàng Đại Tín từ nhóm Phú Mỹ (do bà Hứa Thị Phấn đại diện). Sau đó, Ngân hàng Nhà nước đã chấp thuận về nhân sự.
Trên cơ sở này, Phạm Công Danh đã triệu tập, tổ chức ĐHCĐ bất thường ngày 7/2/2013 và chính thức đảm nhiệm chức danh Chủ tịch HĐQT Ngân hàng Đại Tín, đưa người của mình vào tiếp quản và điều hành mọi hoạt động của ngân hàng. Tiếp đó, Ngân hàng Đại Tín được đổi tên thành Ngân hàng Xây dựng (VNCB).
Quá trình quản trị, điều hành Ngân hàng Xây dựng, Phạm Công Danh chỉ đạo cấp dưới dùng 29 pháp nhân để đứng tên hồ sơ vay vốn tại các ngân hàng khác. Tài sản bảo đảm là tiền gửi của VNCB tại các ngân hàng này. Các ngân hàng nói trên đã xử lý tiền gửi để thu hồi nợ, gây thiệt hại 6.123 tỷ đồng cho VNCB.
Theo cơ quan điều tra, kết quả điều tra đến nay có đủ căn cứ xác định Phạm Công Danh đã phạm vào tội Cố ý làm trái theo điều 165 Bộ luật hình sự gây thiệt hại 6.123 tỷ đồng.
22 cá nhân liên quan khác tại Sacombank (trong đó có ông Trầm Bê), TPBank, BIDV xác định có hành vi làm trái giúp cho Phạm Công Danh thực hiện được hành vi phạm tội bị đề nghị truy tố tội Cố y làm trái.
Theo hồ sơ vụ án, Phạm Công Danh sử dụng các khoản tiền gửi của VNCB để đảm bảo cho khoản vay 1.800 tỷ đồng từ Sacombank cho các công ty do Danh lập. Khoản vay này do Trầm Bê, nguyên Phó chủ tịch HĐQT Sacombank, Chủ tịch Hội đồng tín dụng Sacombank, bàn bạc với Phan Huy Khang, nguyên Tổng giám đốc Sacombank quyết định không thông qua HĐQT Sacombank. Đến ngày hết hạn hợp đồng, Sacombank đã tự động thu nợ gốc 1.800 tỷ đồng và lãi vay là 35,8 tỷ đồng, tổng là 1.835,8 tỷ đồng.
Ngoài ra, do các công ty Danh lập đã đứng tên vay tiền tại các ngân hàng khác, nên nhóm của Danh thông qua CTCP Quản lý quỹ Lộc Việt để mượn pháp nhân vay tiền TPBank. Tiền này được sử đụng dể mua trái phiếu Tập đoàn Thiên Thanh. Công ty Trung Dung và VNCB sẽ đứng ra bảo lãnh cho các khoản vay. TPBank đã giải ngân 1.666,8 tỷ đồng cho 11 công ty. Sau đó, 1.000 tỷ đồng được chuyển vào tài khoản Tập đoàn Thiên Thanh, 600 tỷ đồng được chuyển vào tài khoản Công ty Trung Dung. Sau này, TPBank đã tất toán tiền gửi của VNCB để thu hồi nợ và lãi vay.
Cũng bằng cách tương tự, Phạm Công Danh dùng tài sản bảo đảm gồm 6 lô đất Sân vận động Chi Lăng Đà Nẵng và một số đất đai khai cùng 3.070 tỷ đồng tiền gửi của VNCB tại BIDV để bảo lãnh cho khoản vay của 12 công ty của Danh tại BIDV với tổng số tiền 4.700 tỷ đồng.
Số tiền này được chuyển cho Phạm Công Danh sử dụng, trong đó có việc tăng vốn cho VNCB.
Sau khi giải ngân, do các khách hàng không cung cấp hồ sơ chứng từ liên quan đến việc giao nhận vật liệu xây dựng và không phối hợp để BIDV kiểm tra việc sử dụng vốn vay, nên các chi nhánh BIDV đã thu nợ trước hạn toàn bộ 4.700 tỷ đồng và 226 tỷ đồng tiền lãi.
