Đồng thời, Bạch Hùng Dương (46 tuổi, ở Hà Nội, cựu Giám đốc MEC) lĩnh mức án 30 tháng tù.
Theo cáo trạng, Trung tâm MEC được thành lập vào năm 2012 theo quyết định của Liên hiệp các hội Khoa học và kỹ thuật Việt Nam.
Bà Nguyễn Thúy Vân là Giám đốc MEC từ năm 2012 - 2014. Sau đó, Bạch Hùng Dương kế nhiệm bà Vân. Trung tâm hoạt động theo mô hình doanh nghiệp.
Kết quả điều tra xác định, doanh thu của trung tâm MEC là các khoản tiền tài trợ hoặc nhận được từ các tổ chức trong và ngoài nước thanh toán cho trung tâm từ các hợp đồng thực hiện các công việc theo thỏa thuận cho các tổ chức này. Mai Phan Lợi là người đã liên hệ với nhiều tổ chức, đơn vị trong và ngoài nước để thỏa thuận thực hiện công việc theo các hợp đồng dịch vụ, thỏa thuận hợp tác hay tài trợ.
Viện kiểm sát xác định, từ năm 2012 đến tháng 3/2021, MEC phát sinh doanh thu với tổng số tiền hơn 19,7 tỷ đồng. Các giao dịch nhận tiền được thực hiện qua 3 ngân hàng Techcombank, Vietcombank và MSB. Mỗi lần đơn vị này nhận được tiền tài trợ của các tổ chức trong và ngoài nước, bị cáo Lợi đều chỉ đạo Dương ký chứng từ rút tiền, chỉ đạo nhân viên không lập hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT).
Bị cáo Lợi cũng không thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ theo quy định pháp luật; không xác định chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh; không lập báo cáo tài chính và nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, tờ khai thuế GTGT.
Hành vi của 2 bị cáo nhằm trốn thuế GTGT và thuế TNDN với số tiền hơn 1,97 tỷ đồng. Trong đó, bị cáo Lợi thực hiện hành vi phạm tội với vai trò chủ mưu, cầm đầu, trực tiếp chỉ đạo các nhân viên không thực hiện kê khai nộp thuế.
Viện kiểm sát xác định bị cáo Lợi trực tiếp chiếm hưởng toàn bộ số tiền hơn 1,97 tỷ đồng.
Còn Bạch Hùng Dương là cử nhân ngành luật kinh tế, phải nhận thức được việc kê khai nộp thuế cho số tiền mà MEC nhận được từ các tổ chức. Tuy nhiên, bị cáo Dương đã làm theo chỉ đạo của Lợi, không kê khai thuế theo quy định.
Viện kiểm sát đánh giá bị cáo Dương đồng phạm, giúp sức cho bị cáo Lợi, chịu trách nhiệm về số tiền trốn thuế là gần 1,6 tỷ đồng.
Đối với bà Nguyễn Thúy Vân, cáo trạng nêu người này thực hiện chỉ đạo của bị cáo Lợi về việc không kê khai nộp thuế, giúp sức và có dấu hiệu đồng phạm với bị cáo Lợi. Bà Vân phải liên đới chịu trách nhiệm với số tiền hơn 110 triệu đồng.
Tuy nhiên, hành vi của bà Vân đã kết thúc vào tháng 1/2014, đến nay đã hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự nên cơ quan tố tụng không truy cứu.