Năm 2010, Công ty Gerico – nhà thầu chính ký kết hợp đồng với chủ đầu tư là Công ty cổ phần Chăn nuôi C.P để thực hiện Nhà máy xây xát thức ăn gia súc tại Khu công nghiệp Tân Trường tỉnh Hải Dương. Năm 2011, Công ty Gerico được Sở Xây dựng tỉnh Hải Dương cấp phép xây dựng dự án trên. Tổng giá trị hợp đồng là 487 tỷ đồng.
Quá trình thực hiện, Công ty Gerico đã ký hợp đồng với 10 nhà thầu phụ tại Việt Nam, trị giá là 404 tỷ đồng. Phần công việc còn lại có giá trị 83 tỷ đồng, các bên thống nhất là doanh thu tính thuế TNDN.
Năm 2015, do dự án hoàn thành, Công ty Gerico tiến hành giải thể. Cục thuế tỉnh Hải Dương đã kiểm tra thuế và ngày 17/11/2015, Cục trưởng Cục thuế tỉnh Hải Dương ban hành quyết định số 5126, truy thu thuế TNDN với công ty số tiền hơn 2,6 tỷ đồng.
Doanh nghiệp cho rằng, Cục thuế áp thuế TNDN 5% là không đúng, phải là 2% và khởi kiện ra tòa án. Cấp sơ thẩm không chấp nhận đơn khởi kiện nên doanh nghiệp tiếp tục kháng cáo lên cấp phúc thẩm.
Mấu chốt vụ việc là việc vận dụng pháp luật như thế nào, trong trường hợp này luật điều chỉnh là Thông tư 134/2008/TT-BTC hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam.
Cục thuế căn cứ vào phần điểm b1, phần b, Điểm 3.2 Mục III Thông tư 134 là đối với các hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ bao gồm nhiều hoạt động kinh doanh khác nhau, việc áp dụng tỷ lệ thuế TNDN tính trên doanh thu tính thuế khi xác định số thuế TNDN phải nộp căn cứ vào doanh thu chịu thuế TNDN đối với từng hoạt động kinh doanh do Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thực hiện theo qui định tại hợp đồng.
Trường hợp không tách riêng được giá trị từng hoạt động kinh doanh thì áp dụng tỷ lệ thuế TNDN đối với ngành nghề kinh doanh có tỷ lệ thuế TNDN cao nhất cho toàn bộ giá trị hợp đồng.
Doanh nghiệp cho rằng, hợp đồng ký với khách hàng là hợp đồng xây dựng trọn gói (hợp đồng chìa khóa trao tay), không phân tách từng hạng mục. Phần giá trị 83 tỷ đồng là phần công việc còn lại chủ yếu là thiết kế, giám sát, hỗ trợ lắt đặt.
Theo doanh nghiệp, tinh thần của Thông tư 134 là không bóc tách giá trị hợp đồng thì mức thuế suất là 2% quy định tại điểm b2, phần b, Điểm 3.2 Mục III Thông tư 134.
Theo đó, đối với hợp đồng cung cấp máy móc thiết bị có kèm theo các dịch vụ hướng dẫn lắp đặt, đào tạo, vận hành, chạy thử, nếu tách riêng được giá trị máy móc thiết bị và giá trị các dịch vụ thì tính thuế theo tỷ lệ thuế riêng của từng phần giá trị hợp đồng. Trường hợp trong hợp đồng không tách riêng được giá trị máy móc thiết bị và giá trị các dịch vụ thì áp dụng tỷ lệ thuế TNDN trên doanh thu tính thuế là 2%.
Sau khi xem xét, cấp phúc thẩm xác định đây là hợp đồng xây dựng, không phải là hợp đồng cung cấp máy móc thiết bị. Do đó, HĐXX phúc thẩm đã không chấp nhận đơn kháng cáo của doanh nghiệp.
