Quyết định cũng quy định cụ thể chỉ tiêu chung cũng như chỉ tiêu theo từng vùng: Trung du miền núi phía Bắc; Đồng bằng sông Hồng; Bắc Trung Bộ; Duyên hải Nam Trung Bộ; Tây Nguyên; Đông Nam Bộ; Đồng bằng sông Cửu Long. Trong đó, về tiêu chí y tế, xã đạt chuẩn nông thôn mới phải có tỷ lệ người dân tham gia BHYT đạt từ 85% trở lên; đạt các tiêu chí quốc gia về y tế; tỷ lệ trẻ em dưới 5 tuổi suy dinh dưỡng thấp còi theo vùng miền từ 13,9% đến 31%.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các bộ, ngành liên quan căn cứ chức năng quản lý nhà nước, ban hành hướng dẫn thực hiện đối với các tiêu chí, chỉ tiêu thuộc bộ tiêu chí. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổng hợp hướng dẫn của các bộ, ngành liên quan để ban hành cẩm nang, tài liệu hướng dẫn thực hiện bộ tiêu chí xã nông thôn mới giai đoạn 2016 - 2020 cho các địa phương; nghiên cứu, chỉ đạo thí điểm các mô hình nông thôn mới kiểu mẫu; đề xuất các tiêu chí nâng cao chất lượng đối với các xã đã được công nhận đạt chuẩn nông thôn mới, tiêu chí xây dựng mô hình xã nông thôn mới kiểu mẫu, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
