Tuy nhiên, cùng với triển khai các giải pháp đơn giản hóa thủ tục hành chính thuế nhằm giảm chi phí và thời gian tuân thủ cho doanh nghiệp, thì thực tế đã phát sinh các hành vi lợi dụng sự thông thoáng này để gian lận thuế.
Ngành thuế đã tăng cường các biện pháp thanh, kiểm tra, xử lý vi phạm. Trong năm 2016, cơ quan thuế đã thực hiện kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế gần 930.000 hồ sơ; thanh tra, kiểm tra gần 82.000 doanh nghiệp, qua đó xử lý tăng thu cho ngân sách nhà nước 14.500 tỷ đồng; thu được 42.000 tỷ đồng nợ thuế (số dư nợ thuế đến cuối năm 2016 khoảng 72.400 tỷ đồng, giảm 2% so cuối năm 2015); chuyển cơ quan công an 2.776 hồ sơ vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
