Theo phản ánh của doanh nghiệp, hiện một số doanh nghiệp đang nhập khẩu tổ yến từ Malaysia và Indonesia qua đường hàng không với giá khai báo tính thuế là 200-400 USD/kg và được các cơ quan chức năng chấp nhận cho thông quan. Trong khi đó, theo quyết định số 1114/QĐ-TCHQ (ngày 10/4/2014), mức giá tham chiếu để tính thuế cho tổ yến nuôi nguyên tổ dạng thô có giá 725 USD/kg và thực tế tổ yến nhập khẩu trên thị trường hiện có giá bán không dưới 20 triệu đồng/kg.
Thực tế này khiến cho ngân sách thất thu và tạo ra cạnh tranh không lành mạnh cho doanh nghiệp nuôi và khai thác tổ yến tại Việt Nam.