Ngày 7-2, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tống đạt quyết định khởi tố bị can, thực hiện lệnh bắt tạm giam đối với các ông Trần Hải Sơn - tổng giám đốc, Trần Văn Quang - trưởng phòng kế hoạch Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines, Trần Bá Hùng - phó trưởng bộ phận vỏ thuộc Công ty TNHH Hyundai Vinashin, Phạm Bá Giáp - giám đốc Công ty TNHH Nguyên Ân. Các bị can này đều bị khởi tố về hành vi tham ô tài sản.
Tháng 6-2007, Chủ tịch hội đồng quản trị Vinalines phê duyệt chủ trương lập dự án xây dựng nhà máy sửa chữa tàu biển tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu với tổng mức đầu tư 3.854 tỉ đồng. Tháng 10-2007, chủ tịch hội đồng quản trị Vinalines phê duyệt mua một ụ nổi cũ sản xuất tại nước ngoài từ năm 1965, tổng mức đầu tư hơn 14 triệu USD. Tuy nhiên, sau đó Vinalines thay đổi phương án mua bằng cách chi 9 triệu USD mua ụ, thuê vận chuyển về VN hết 4,5 triệu USD.
Khi thiết bị này được vận chuyển về, Vinalines giao Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines sửa chữa. Công ty chi 193 tỉ đồng, trong đó thuê Nhà máy Hyundai Vinashin Nha Trang sửa chữa hết 97 tỉ đồng, thuê một số đơn vị sửa chữa hết 96 tỉ đồng. Chi phí sửa chữa tại VN đắt hơn việc mua và sửa chữa ở nước ngoài, vận chuyển về nước khoảng 10 triệu USD.