Theo đó, tổng số tiền truy thu, phạt vi phạm hành chính về chậm nộp thuế của BMP là gần 7,6 tỷ đồng, trong đó truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 5,86 tỷ đồng, phạt hành vi kê khai sai 1,35 tỷ đồng, tiền chậm nộp thuế 372,5 triệu đồng.
Vụ việc tranh cãi ưu đãi thuế cổ phần hóa và niêm yết của BMP đã kéo dài hơn 3 năm. So với thông báo truy thu thuế ban đầu, số tiền trên thấp hơn rất nhiều. Cụ thể, ngày 23/6/2014, Tổng cục Thuế có quyết định truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2009 và 2010 số tiền trên 71,4 tỷ đồng.
Tháng 2/2004, BMP chính thức chuyển thành công ty cổ phần. Theo chế độ ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp cổ phần hoá lúc đó, Công ty được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 100% trong 2 năm 2004 và 2005, đồng thời được giảm 50% số thuế phải nộp cho 3 năm tiếp theo. Tháng 7/2007, Công ty lên niêm yết ở Sở Giao dịch chứng khoán TP. HCM.
Thời gian này, nhằm khuyến khích các doanh nghiệp lên sàn, Nhà nước có chính sách ưu đãi, giảm 50% thuế thu nhập trong vòng 2 năm cho các doanh nghiệp niêm yết cổ phiếu lần đầu. Như vậy, nếu hưởng cả 2 chính sách ưu đãi cùng lúc thì năm 2006 và 2007, BMP tiếp tục được giảm 100% tiền thuế phải nộp và năm 2008 được giảm 50%.
Doanh nghiệp có được hưởng cả 2 ưu đãi cổ phần hóa và niêm yết hay không? BMP đã gửi công văn hỏi Tổng cục Thuế và câu trả lời là được hưởng cả 2 loại ưu đãi và được gộp chung với nhau, nhưng phải đăng ký với Cục Thuế sở tại.
BMP đã làm theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, gửi đăng ký hưởng ưu đãi giảm 100% trong 2 năm 2006 và 2007 và 50% năm 2008 kèm với văn bản trả lời của Tổng cục Thuế cho Cục Thuế TP. HCM. Sau đó, Cục Thuế TP. HCM thông báo là doanh nghiệp được hưởng cả 2 chính sách ưu đãi, nhưng không được gộp chung, tức hưởng ưu đãi thuế từ việc cổ phần hoá xong rồi mới chuyển qua hưởng ưu đãi thuế từ việc niêm yết. BMP đã kê khai các năm 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, hưởng ưu đãi thuế mỗi năm 50%.
Tuy nhiên, Cục Thuế TP. HCM lại viện dẫn vào thông báo năm 2011 của Tổng cục Thuế gửi chung cho các doanh nghiệp cổ phần hoá và niêm yết trong giai đoạn 2004 - 2008, theo đó doanh nghiệp chỉ được hưởng 1 trong 2 ưu đãi đãi thuế: hoặc ưu đãi đối với cổ phần hoá, hoặc ưu đãi đối với niêm yết; nếu doanh nghiệp nào đã “lỡ” hưởng ưu đãi năm 2008 rồi thì được hưởng tiếp năm 2009, còn doanh nghiệp nào chưa được hưởng ưu đãi năm 2008 thì sẽ không được hưởng.
BMP được cho là kê khai sai, dẫn đến nộp thiếu tiền thuế năm 2009, 2010 và bị ra quyết định truy thu. Công ty tạm nộp tiền bị truy thu, đồng thời khiếu nại lên Tổng cục Thuế và Bộ Tài chính.
