Năm 2016, Bộ Giao thông Vận tải đã hoàn thành thoái vốn tại 22 công ty cổ phần. Trong đó, đã thoái toàn bộ vốn nhà nước tại 4 công ty mẹ -tổng công ty (Cienco 6, Vinamotor, TEDI, Vận tải thủy) và thoái giảm tỷ lệ vốn nhà nước tại 1 công ty mẹ - tổng công ty (Cienco5), thu về 2.039,7 tỷ đồng, bằng 133,8% giá trị mệnh giá, giá trị thu về đạt 2.301,7 tỷ đồng.
Các công ty mẹ - tổng công ty thuộc Bộ đã thoái vốn tại 17 doanh nghiệp, thu về 262 tỷ đồng, bằng 214,7% giá trị mệnh giá.
Hiện Bộ Giao thông Vận tải đang triển khai thực hiện cổ phần hóa đối với 4 công ty mẹ, gồm các tổng công ty: Đầu tư và Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long, Hàng hải Việt Nam, Công nghiệp Tàu thủy; 8 công ty con thuộc Tổng công ty Công nghiệp Tàu thủy.
Đồng thời, phê duyệt phương án và tổ chức thực hiện thoái vốn nhà nước tại 7 công ty cổ phần đã được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận gồm: 3 công ty cổ phần quản lý và xây dựng đường bộ; 2 công ty cổ phần quản lý bảo trì đường thủy nội địa số 1, số 10; 1 công ty thuộc Trường đại học Giao thông Vận tải TP.HCM và 1 công ty thuộc Trường đại học Hàng hải Việt Nam.
