Tuy nhiên, nếu so với số chuyến bay tăng trưởng mạnh (tăng 26,5% so với 2015) thì tỷ lệ chậm hủy chuyến chỉ tăng thêm trung bình 1,3% là không nhiều. Nguyên nhân chủ quan của hãng (kỹ thuật máy bay) chiếm tỷ lệ 10,3% tổng số chuyến bay chậm và gián tiếp gây nên 10,6% chuyến bay chậm của chặng kế tiếp.
Ngoài ra, nguyên nhân hạn chế về điều hành bay tại cảng xuất phát chiếm 11,3% trên tổng số chuyến bay chậm, tăng 3,5% so cùng kỳ 2015, một phần do các chuyến bay phải bay chờ tại sân bay Tân Sơn Nhất vì mật độ cao.
Theo Cục hàng không, việc hãng thông báo thay đổi giờ bay cho hành khách (điện thoại, nhắn tin, email) chưa đạt hiệu quả cao. Vẫn xảy ra tình trạng không có nhân viên hướng dẫn hành khách (nhân viên lọc khách) 10 phút trước giờ chuyến bay kết sổ, nên hành khách bị nhỡ chuyến bay.
Bên cạnh đó còn có tình trạng quá tải ở nhà ga nội địa sân bay Tân Sơn Nhất. Sân bay Nội Bài vẫn còn tình trạng ô nhiễm tiếng ồn, mất điện lưới hoặc điện máy phát bị chập chờn.
Một số sân bay tại miền Trung còn hiện tượng thông tin chuyến bay không được cập nhật, chất lượng sóng wifi chưa cao, trang thiết bị phục vụ mặt đất còn hạn chế.
